Цялостната дейност на УМБАЛСМ "Н.И.Пирогов" ЕАД се ръководи от Съвета на директорите, в чийто състав е и изпълнителният директор на лечебното заведение. 

Съветът на директорите осъществява своята дейност в съответствие с приетите от него Правила за работа и при спазване на законодателството на страната.